In het kader van het Samen op Weg-proces werden de Generale Diaconale Raad van de Nederlandse Hervormde Kerk en de Deputaatschappen van de Gereformeerde Kerken opgeheven. Hiermee dreigde een eind te komen aan de bovenplaatselijke diaconale werk- en beleidsstructuur binnen de te vormen Protestantse Kerk in Nederland. Vanuit de diaconieën kwam het initiatief om in deze leemte te voorzien. Daartoe werd op 26 november 1998 de Federatie van Diaconieën (her)opgericht.

De Federatie van de Diaconieën behartigt de belangen van de Protestantse diaconieën. Het lidmaatschap staat open voor diaconieën die behoren tot de Protestantse Kerk in Nederland: dat zijn Protestantse diaconieën, Hervormde diaconieën, Gereformeerde diaconieën, Evangelisch-Lutherse diaconieën en Waalse diaconieën. De Federatie van Diaconieën is een zelfstandige organisatie. Zij werkt nauw samen met de Protestantse Kerk in Nederland, maar heeft een onafhankelijke positie.